日本平户，怀有身孕的翁子被掺扶上一艘日本商船，她要在孩子出世之前赶回中国，回到丈夫郑芝龙身边。风浪中，孩子出生了，是个男孩，4个男仆都不会接生，他们望着眼前的情景不知所措，翁子咬断孩子的脐带，孩子大哭。这时风平浪静，天空出现吉祥的彩云，落日将海天染得血红一片。 5岁的郑森被父亲在海中摔打，海盗出身的父亲郑芝龙用异乎寻常的方法训练郑森，一心想把儿子培养成像自己一样坚毅果敢的人。 16年后，21岁的郑森已是南京国子监的学生，这时的南京已是清兵压境，危机四伏。 一日，郑森的堂哥，掌管郑芝龙家族"五大商行"的郑泰来南京结款，准备顺便带郑森离开南京返回福建。闹市中，自清兵入关便闭户不出的秦淮艺妓柳圆圆竞价买身，为抗清义士黄梧筹款，一时间南京城的王孙贵族、商贾巨富争相目睹柳圆圆的芳容。 郑森为支持黄言北上抗清，不顾郑泰劝阻，以五千两黄金打动了柳圆圆，郑泰大为光火，兄弟俩发生了激烈的争吵。 当夜，郑森婉拒以身相许的柳圆圆，柳圆圆以一曲《梅花操》答谢郑森。在柳圆圆的引见下，郑森见到了抗清义士黄梧，但黄梧心胸狭隘对郑森很不友好。 仙霞关，郑森巧遇逃亡之中的唐王朱聿健，神秘莫测的唐王说郑森不是凡人，将会承担起弘复天道的重任，郑森虽然没有看见唐王的面容，但暗夜之中朱聿健头顶漂浮的彩云吸引了郑森的灵魂。 清兵包围了客栈，郑森为救唐王身陷绝境，丐帮帮主陈永华从天而降，率弟子救了郑森和唐王。 郑森感激陈永华，他见陈永华非凡俗之胎，必须成就大业，希望陈永华相助。陈永华说大明、满清都不容丐帮，只要郑森能接纳，愿以死相随共谋大业。郑森与陈永华引为知己，陈永华叮嘱郑森，必须马上回去搬救兵，因为此时只有你父亲郑芝龙能挡住清兵，一旦仙霞关被破，八闽就完了。 海边，郑森飞马赶到，三叔郑芝魁告诉他郑芝龙正在台湾与荷兰人谈判，现在风急浪高，没有郑芝龙的命令谁也不能动兵船。郑森说我已不是凡人，有没有船我都要去台湾找父亲。随即他就跳进海里，郑芝魁见状连忙就救起侄儿，给了他一艘兵船。年少的郑森一到台湾港口岸边，即被荷兰士兵团团围住。