许仙以自己性命威吓君宝，力保妻子和青蛇，君宝不得要领，暂且放过她们，但挟走许仙。许仙被禁锢，君宝每日向他念经，希望能助他去除魔障，许仙为早日离开，装作茅塞顿开，愿意皈依三宝，可惜被君宝看穿意图，仍被逼滞留在金山寺。
白蛇舍不得和许仙分离，前往金山寺，向君宝苦苦哀求，请他成全和许这段姻缘，但被君宝斥退，白蛇忍无可忍，决和君宝决一死战，青蛇不忍白蛇孤军作战，跟随左右。
白蛇施起法术，兴波作浪，水淹金山，欲逼退君宝，救出许仙，岂料气力不继，一时拿捏不准，竟酿成大灾难，湖水泛滥，冲倒堤坝，死伤枕藉。君宝欲用手上砵盂收伏白蛇，却发觉收不进去，白蛇偕青蛇借水遁去。
君宝命许仙前去寻找白蛇，了此孽缘，为自己赎罪，许仙以君宝冷酷无情，破口大骂，君宝带他进城，许仙眼看黎民死伤无数，知道皆是白蛇所为，心里动摇，君宝把一道灵符交给他，要他在白蛇产子后贴在她枕下，替天行道，诛除妖孽。
白蛇产下儿子，许仙寻至，心里挣扎，最后还是不忍向白蛇下毒手，但已对白蛇造成莫大伤害。青蛇揭发许仙身上藏有灵符，她大骂许仙忘恩负义，要杀许仙为白蛇吐一口气。白蛇知许仙有心对付自己，伤心欲绝，许仙后悔莫及，跪下请罪，立誓要和白蛇生死与共。
君宝知许仙未能贯彻始终，违背承诺，决亲自来收伏白蛇。许仙把儿子交托大雄，自己和白蛇青蛇连夜离开。青蛇有感君宝对白蛇锲而不舍，有心要和他同归于尽，好让白蛇及许仙远走高飞，结果被君宝重创。
君宝追及许仙和白蛇，穷追猛打，双方展开连场激战。君宝最后大获全胜，把白蛇压在雷峰塔下。他以白蛇所产婴儿许仕林乃孽胎，欲斩草除根，以绝后患，但经许仙苦苦哀求，始放弃杀婴之念，不过他要许仙答应一个条件…..二十年后，他要带许仕林回金山寺受戒，接受佛法，以防许仕林为害人间。