一马三司令剧情讲述了马氏三兄弟，面对日寇强敌入侵不当亡国奴，毅然组织山东长山中学学生和当地民众拉起武装，与日寇血战到底，最后壮烈牺牲的故事。

1937年，日军挑起了卢沟桥事变，自此后抗日战争全面爆发。许多热血爱国青年学生不甘心成为亡国奴，学生们听说了马耀南校长也是爱国之人，纷纷涌到马耀南的办公地点，向门卫提出见马耀南。门卫回屋向马耀南报信，马耀南一听是学生们来访，立即让门卫放学生们进屋。学生们一进屋就向马耀南表达敬意，纷纷提出跟随马耀南一起抗日。国民党派到学校的教导主任刘国干见势头不妙，当场指责马耀南企图向学生们灌输共产党思想。马耀南面不改色否认了刘国干的诬陷，刘国干提醒马耀南老老实实做好自己的本职工作，如果查到他企图与国民党作对，国民党一定不会放过他。

马耀南在家里排行老大，在他下面还有二个弟弟。二弟叫马晓云，三弟叫马天民。兄弟三人都是铁骨铮铮的汉子，对入侵中国的日军恨之入骨。

战乱年代，全国各地治安混乱，一伙土匪深夜来到马家外面，企图闯入马家打劫。马晓云爬上墙头打量聚集在门外的土匪，坚决不肯服软。土匪们决定强攻马家，马晓云带领家丁们把点燃的草垛扔到屋外，制造重重浓烟，利用浓烟与门外的土匪们周旋。土匪们不熟悉地形，被浓烟挡住了视线，乱成一团。马晓云趁机带领家丁们冲到屋外，打死打伤了许多土匪。斩草要除根，马晓云一不做二不休，决定击毙土匪头目。关键时刻，有人赶了过来，劝说马晓云手下留情。马晓云看在来人的面子上，放了土匪头目一马。

刘国干身为国民党员，将马耀南视为潜在的敌人。马晓云为马耀南鸣不平，暗地里向正在屋内吃饭的刘国干扔飞镖，暗示刘国干做人不能太嚣张。刘国干和两个同伴见有飞镖飞进屋，吓得魂不附体趴到桌下。刘国干认定扔飞镖的人是马耀南，于是向吴县长告状。马耀南面对刘国干的指责，一头雾水否认自己扔飞镖恐吓刘国干。

日军北方司令多田骏召开会议，与手下人商量作战计划。日军攻入中国势如破竹，如果攻下了北方各大城市，将会重创中国人抗日决心。

国家被外敌入侵，国民生活在水深火热当中。马耀南虽然从事教育工作，但他也是铁血男子，不甘心看着祖国沦陷，决定弃笔从戎，投身到抗日行动中。马晓云和马天民得知大哥马耀南计划组建队伍抗日，兄弟两人二话不说支持马耀南。马母得知马耀南准备抗日，说什么也不同意。马耀南没有气馁，守在母亲住的房门外面，母亲其实也是爱国之人，无奈之下妥协让步，同意马家兄弟三人抗日。

马耀南得到母亲支持，义无反顾组建了一支抗日队伍，许多爱国百姓听到消息，纷纷前来投奔马耀南。队伍迅速壮大，从最开始的马家兄弟三人扩大到了数百人。马耀南摇身一变成了马司令，踌躇满志召集手下人训话。